Zu Beginn des thüringisch-hessischen Erbfolgekrieges im Jahre 1247 begannen die Ritter von Treffurt, zu deren Besitz Heldra damals gehörte, in Gemeinschaft mit den Eschweger Herren in Heldra die Hellerburg zu errichten. Da die Treffurter im darauffolgenden Jahr besiegt wurden, blieb die Burg unvollendet und musste später sogar abgerissen werden. Nur der Burgturm blieb in einer Höhe von ca. 9 Metern stehen.
Im Inneren des Turmes soll schon sehr früh eine kleine Kapelle eingerichtet worden sein. Durch die anwachsende Bevölkerung des Ortes, wurde dieser Kirchenraum zu klein. Im
Jahre 1404 ließ die Adelsfamilie von Erfa an den Turm ein kleines Kirchenschiff aus Lehm und Feldsteinen anbauen.
Dieses Kirchenschiff erfüllte über 400 Jahre seinen Zweck und wurde erst 1844/45 durch einen Neubau aus Sandstein auf seine heutige Größe erweitert. Der ehemalige Hellerburgturm war Kirchturm geworden.
Mit dem Neubau des Kirchenschiffes, im Jahre 1845, bekam die Kirche auch ihre Orgel. Der Orgelbaumeister war Johann Wilhelm Schmerbach, der Jüngere, aus Frieda.
In den Jahren 1910 und 1911 erfolgte eine grundlegende Renovierung der Kirche, die mit einem großen Kirchweihfest beschlossen wurde. Aus Spendenmitteln der Heldraer Bürger finanziert, wurden im Zuge dieser Renovierungsarbeiten die beiden bunten Fensterbilder in der Westseite des Gotteshauses und das Wappenbild über der Turmtür eingesetzt.

Der Junker Hans von Erfa schenkte der Kirchengemeinde im Jahre 1611 einen, noch heute im Gebrauch befindlichen, wertvollen Abendmahlskelch. Dieses Meisterstück der deutschen Goldschmiedekunst trägt am unteren Kelchrand den Namen des amtierenden Pfarrers Selichmüller und die Namen der damaligen Kirchenältesten.
Eine weitere Kostbarkeit ist die, von Johannes Francke, dem Vater des bekannten Theologen August Hermann Francke, im Jahre 1666 gestiftete und mit reichem Bilderschmuck versehene Lutherbibel. Diese prächtige mit einer Widmung des Stifters versehene Bibel war seit Beginn des Ersten Weltkrieges für lange Zeit verschollen. Nach vielen Jahren wurde sie vom Lehrer und Heimatdichter Wilhelm Pippart in
einem Wanfrieder Taubenschlag wiedergefunden.
Das Blatt mit der persönlichen Widmung an die Kirchengemeinde Heldra war allerdings herausgerissen worden, so dass die Stadt Wanfried Besitzrecht erlangte. Im Jahre 2002 konnte die wertvolle Bibel mit Hilfe von Spenden und Zuschüssen aufwendig restauriert werden und ist nun als Dauerleihgabe der Stadt Wanfried nach Heldra zurückgekehrt.

Zwei der Kirchenglocken wurden während des Zweiten Weltkrieges zu Kriegsmaterial umgegossen. Die verbliebene dritte Glocke, die mittelgroße, stammt aus dem Jahr 1665. Sie wurde von einem französischen Wandergießer auf dem Flurstück "Auf dem Rasen", unweit der Werra, gegossen.
1956 konnte die Anschaffung von zwei neuen Glocken durch eine große Spendensammlung finanziert werden. Die große Glocke wiegt 600 kg und trägt die Inschrift: "Lasset Euch versöhnen mit Gott". In der kleinen, 200 kg schweren Glocke
steht: "Seid fröhlich in Hoffnung, geduldig in Trübsal, haltet an am Gebet".

Glockenklang Gruß
Als Turm ward ich erbaut für Kampf und für Streit,
Doch trag ich schon lange ein friedliches Kleid.
Ein Kirchlein ward bald mein treuer Gefährt.
Schon ein zweites erleb ich, so lang hats gewährt.
Oft trotz ich den Stürmen in Wetter und Wind,
Sah Greise müd kommen, die ich kannt als Kind.
Ob Völker, Geschlechter und Zeiten hingehen,
Im Wechsel der Zeiten bleibt einer nur stehn.
Dem klingt mein Geläut zum Himmel empor,
Viel Tausend ihn loben im ehernen Chor,
Drum Wandrer im Dorf, gedenke der Zeit,
Einst klingt Dir von mir Dein letztes Geläut!